Alumni Sekolah Tinggi Katolik “Touye Paapaa” Deiyai memiliki wadah organisasi yaitu Ikatan Alumni STK “Touye Paapaa” Deiyai. Organisasi ini berfungsi untuk menggalang rasa persatuan serta menjalin komunikasi antar alumni dan alumni dengan STK “Touye Paapaa” Deiyai, serta menunjang pencapaian tujuan pendidikan. Melalui organisasi ini, alumni memiliki andil untuk berkontribusi terhadap pengembangan STK “Touye Paapaa” Deiyai dan sekaligus sebagai penghubung institusi kepada stake holders dan masyarakat.
Organisasi alumni dijalankan oleh pengurus ikatan alumni yang memiliki periode kepengurusan selama 3 (tiga) tahun yang disahkan dengan surat keputusan Ketua STK “Touye Paapaa” Deiyai. Pengurus ikatan alumni dibentuk dalam rapat anggota ikatan alumni dengan prinsip musyawarah dan mufakat. Pengurus memiliki tugas untuk menetapkan tujuan organisasi dan menjalankan program-program kegiatan ikatan alumni untuk mencapai tujuan organisasi tersebut.
Pengawasan dan pembinaan kepengurusan ikatan alumni menjadi tanggung jawab dari Wakil Ketua III Bidang Kemahasiswaan.